Er zijn aanzienlijke kennislacunes in het onderzoek naar stikstofdepositie, specifiek rondom ammoniakemissie en -verspreiding. Een belangrijk aandachtspunt is de nauwkeurigheid van de emissiefactoren voor ammoniak, zowel vanuit stallen als door bemesting. Deze factoren beïnvloeden direct de totale ammoniakemissie en zijn van groot belang voor modellen zoals NEMA. Daarnaast ontbreekt er gedetailleerd inzicht in de droge depositie van ammoniak op verschillende landtypes en hoe deze depositie varieert met de concentratie van ammoniak in de lucht. Ook de verspreiding van ammoniak, vooral in de vorm van aerosolen en de hoogte waarop deze stoffen zich verspreiden, is nog onvoldoende onderzocht. Dit heeft gevolgen voor het bepalen van depositiepatronen en mogelijke impact op natuurgebieden.

Er zijn tevens vragen over de accuraatheid van natte depositiegegevens, vooral omdat de verdamping van neerslag een rol kan spelen bij het terugvloeien van ammoniak in de atmosfeer. De methoden om de kritische depositiewaarden (KDW) per natuurtype vast te stellen, kunnen ook worden verbeterd, omdat onzekere KDW-waarden het inzicht in de belasting van kwetsbare natuur bemoeilijken. Evenzo zijn de ammoniakbalansen rond stallen, evenals de opname van ammoniak door het omliggende agrarische bedrijf, nog niet sluitend vastgesteld.

Een verbeterd meetnetwerk kan deze witte vlekken in het onderzoek naar stikstofdepositie verkleinen. Er is bijvoorbeeld behoefte aan een uitgebreid sensornetwerk voor ammoniakconcentratiemetingen, zodat de geografische spreiding en methoden voor nauwkeurige metingen verder ontwikkeld kunnen worden. Voor natte depositie zouden aanvullende regenmeetpunten waardevol zijn. Onderzoek naar droge depositie met behulp van biomarkers biedt ook perspectief, en er is behoefte aan methoden die droge depositie nauwkeuriger en sneller kunnen vaststellen. Bovendien kan het gebruik van satellietdata, in samenwerking met private onderzoeksorganisaties, een veelbelovende aanvulling vormen op de huidige meetnetwerken.

Op het gebied van innovatie zijn er uiteenlopende mogelijkheden voor ammoniakreductie, variërend van kosteneffectieve emissiebeperkende maatregelen tot het testen van nieuwe technologieën in de praktijk. Gaswassers, bijvoorbeeld, verdienen verder praktijkonderzoek om hun effectiviteit en kostenefficiëntie te verbeteren. In stallen voor koeien, kippen en varkens, evenals bij bemesting van gras- en bouwland (zoals maïs, tarwe, aardappelen en uien), kunnen praktijkstudies bijdragen aan directe kennisverbetering en mogelijke innovaties in het reduceren van ammoniakuitstoot. Dit alles benadrukt de noodzaak van gerichte onderzoeken en nieuwe technologieën die ons beter in staat stellen de complexe processen rondom stikstofdepositie te begrijpen en te beheersen.